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水晶会从周围环境里去吸收能量，一般戴久了就会吸附一些周遭的负面能量，我们可以使用一些让水晶快速恢复频率的方式来消除接触覆盖在上面的负面能量，一般称为为水晶消磁或净化。以下一些方法都是古老文化中传承下来的，但要注意并不是每种方式都适用于每一种水晶，有些净化方式可能会对某些水晶造成伤害。
日光、月光暴晒法
适用于透明无色的水晶，比如白水晶。不适用所有有色水晶，比如紫水晶，会造成褪色的情况。因为太阳是地球上可见到的最强烈的光，而且是有能改变能量结构的特性。我们把水晶放置阳光下晒几小时是可以协助水晶恢复本来面目的。而月亮的光线是来自太阳的反射，所以月光暴晒也具有相同的效果。
海盐净化法
适用于硬度高、无金属或化学成分能接触海盐的水晶，比如黑耀岩。不适用：含有金属或化学成分不能直接接触海盐的水晶，比如赤铁矿。我们将水晶放入盛满海盐水的容器，经过纯天然海盐所散发出来的海洋净化效果能够有效净化水晶。浸泡至少要12个小时，然后再将水晶冲洗干净放在阴凉处晒干即可。
水流法净化
适用于硬度高的矿石，例如黑耀岩。不适用结构脆弱的矿石例如黄铁矿。可以将水晶放在水流下5-10分钟，让流动的水带来新的能量，自来水和山泉水都可以。
香氛、烟熏法净化
几乎适用于所有水晶。将水晶放置于香薰炉旁，点燃有机香薰精油来达到净化效果。也可以使用鼠尾草的烟熏法，在许多古老文明中有记载当地人会透过鼠尾草的烟雾带来正面能量来净化水晶。
